برای مدیریت بهداشتی مزارع آبزیان باید موارد زیر را در نظر داشت
موارد مهم و تاثیرگزار برای برای مدیریت بهداشتی مزارع آبزیان :
استفاده از حوضچه های ضدعفونی کننده در محل ورودی مزارع پرورشی الزامی است.
قبل از ورود خودرو حمل مجاز به مزرعه پرورشی، مزرعه دار بایستی نسبت به ضدعفونی چرخ های خودرو با ترکیبات کلر (ppm 100) و یا سایر ترکیبات مجاز اقدام نماید.
خودروهای حمل مجاز موظفند قبل از حمل زیر نظر دامپزشک مرکز تکثیر مبدا نسبت به شستشو و ضدعفونی مخزن یا مخازن حمل و همچنین خودرو اقدام نموده و گواهی مربوطه را دریافت نمایند. اعتبار هر بار ضدعفونی به منظور بارگیری حداکثر یک هفته می باشد.
لارو بچه ماهی سالم از مراکز تکثیر دارای مجوز بهداشتی معتبر تهیه گردد.
حمل و نقل لارو بچه ماهیان طبق ضوابط بهداشتی ابلاغ شده سازمان دامپزشکی کشور انجام بگیرد که به منظور کنترل بیماری ها توصیه می گردد منبع تامین بچه ماهی و لارو ترجیحا از یک مرکز تکثیر داخل استان انجام گردد.
قرنطینه بچه ماهیان جدید ورودی به مزرعه پرورشی جهت انجام بررسی ها و آزمایشات لازم قبل از رهاسازی نهایی در استخر های پرورشی به همراه ضدعفونی بچه ماهیان قرنطینه شده با مواد استاندارد و بهداشتی ضروری است ( بهتر است ماهیان حداکثر برای ۴ هفته و حداقل به مدت ۲ روز در حالت قرنطینه به سر ببرند، چون ممکن است ناقل بیماری باشند).
ثبت روزانه و تهیه گزارش تلفات مشکوک به بیماری و ارسال به دامپزشکی در اسرع وقت یکی دیگر از موارد مهم در مدیریت بهداشتی مزارع آبزیان می باشد.
تراکم ذخیره سازی مناسب در بین گونه های پرورشی بر حسب اقلیم و شرایط احتمالی بیماری ها در منطقه و رعایت الگوی پرورشی استاندارد باید رعایت شود. ماهیان برای رشد سریع و حفظ سلامتی خود نیاز به فضای حیاتی مطلوب دارند، زمانیکه تراکم ماهیان در استخرها افزایش یابد شرایط مطلوب زیستی آنها محدود می شود. برای جبران وضعیت فوق امکان افزایش میزان اکسیژن، هوادهی و ورود آب تازه تا حدی وجود دارد اما حذف مواد زائد مثل گازهای تنفسی ماهی (NH3 و CO2) به سادگی ممکن نیست و نیز تحمیل استرس به ماهیان و تسریع گسترش مراحل عفونی درماهیان اجتناب ناپذیر است. بنابراین تعداد ماهیان موجود در هر استخر باید متناسب با وزن ماهیان، مقدار آب و ابعاد استخر باشد.